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变形金刚的起源一直是大家喜闻乐见的话题。虽然各系列都给出了自己的答案且细节有所不同，但主要可归为以下三种：
相关作品：G1动画、日版BW动画等。
此设定首见1986年的G1动画第三季第69集。补天士在濒死状态下进入了领导模块，其中的汽车人历代领袖为他讲述了变形金刚的起源故事。
变形金刚原本是外星人五面怪在塞伯坦工厂生产出的机器人，后因不堪五面怪压迫而推翻了自己的创造者。
当时五面怪有民品和军品两条生产线，即后来的汽车人和霸天虎的雏形。民品爱好和平，而军品崇尚征服，这一根本矛盾导致了后世汽车人与霸天虎旷日持久的内战。
相关作品：漫威元祖漫画、IDW2005漫画等。
此设定由英国编剧SimonFurman创作，首见于1989年出版的漫威美版元祖漫画第61话。
世界创立之初，有元始天尊和宇宙大帝二神。为对抗邪恶的宇宙大帝，元始天尊照自己的样子创造了变形金刚一族，并将自己的力量注入有创世之力的「领导模块」，即后来汽车人历代领袖传承的圣物。
第一个变形金刚名为「先觉者」，他是领导模块的第一位持有者，也是后来的十三元祖的领袖。而汽车人和霸天虎两个派别的分歧是很久以后的事情了。
相关作品：真人电影、08动画、网飞《决战塞伯坦》三部曲。
此设定首见于2007年的变形金刚真人电影。电影初稿是变形金刚来到地球寻找领导模块，后来不知为何改成了寻找「能量立方」，再后来草草改成了「火种源」；这个名词明显源自BW世界观中的「火种（类似人类的心脏）」和「火种后世」相关设定。
火种源是一个拥有创世力量的金属立方体，其起源和能量来源均未知。它赋予了塞伯坦上的金属以「火种」，创造出了第一代变形金刚。
在汽车人与霸天虎的内战中，火种源流落他乡，最终出现在地球上，因此双方都赶往地球，想要先对方一步占据火种源。