一、有特殊的理论体系——混元整体理论
如第二章所述，混元整体理论是智能气功科学的方法论基础，也是智能气功赖以建立的理论基础。
混元整体观认为，人的形、气、质（或称精、气、神）都是混元气的不同存在（或称表现）形式。气可以聚而成形（包括精），也可转化为神；既可以充养形、也可以颐养神。这是智能气功注重气的锻炼（开始就练内气外放与外气内收）的道理所在。混元理论中的初始混元气，与传统气功理论中的道、元气、太极相仿佛、它充斥于整个宇宙，贯穿于各物质层次，并可成为不同物质的生化动力与原材料。所以智能气功在强调练自身混元气的同时，还特别重视内收外界的初始混元气为己所用。鉴于意识可“自上而下”地贯穿各物质层次，能调动各层次的混元气，因而通过意识的开合聚散，可以把外界混元气“加工”成人体混元气。由于人体混元气包容了人体生命的全部特性，所以当人体混元气充足后，人体各种功能都能得到加强，身体各部分的病都能得到治疗，人体各不同层次的效应——防治疾病效应、健美身心效应、开发超常智能效应等，都可展现出来。智能气功所以不搞辩证论治、不搞辩证施功，道理基于此。
我国众多之气功门派盖由于功理不同而形成，立论不同，功法也就各异。
有立论于阴阳的，以阴阳为纲，平调人体阴阳，则可祛病健身。
有立论于三才的，三才在人体为精、气、神，人是由精、气、神组成的整体。道家一两千年实践证明，练精、气、神乃十分有效之养生法。
有立论于五行的，五行在人体为五脏，五脏功能正常，身体便可以健康。
有立论于八卦的，八卦在人体为奇经八脉，奇经八脉直接关系人体经络气血之流行，还可调节十二经脉，奇经八脉练好了，人也就健康了。
稍再复杂者有从十二经脉来立论，根据不同经络特性安排不同练功方法，使之有效地加强各条经络的作用。
更为复杂者，则立论于万事万物层次，针对不同疾病练不同功法，治疗之针对性非常强。从立论于阴阳层次至立论于不同疾病层次，其理法一个比一个复杂而具体。
智能气功立论于阴阳未判、一气混元这个层次，这个层次的混元气是最根本的混元气，对事物无需区分，直指根本，理法甚为简单。由于这一层次的混元气可以化生阴阳、五行、八卦、万事万物等各层次的混元气，而不受这些层次的物质规律支配，故治病毋需辩症施功、辨症施治，不用考虑人体阴阳、脏腑、经络气血状况，根据“正气存内，邪不可干”的道理，和混元气“聚则成形，散则成风”的特点，只要按功法锻炼，把大自然最根本的混元气聚收于体内，混元气在体内就可以自行调节阴阳、脏腑和经络气血平衡。阴虚则补阴，阳虚则补阳，哪一脏腑、经络气不足便自行去调节补充。因此，不论什么病，均可使其转化为正常。各家气功立论于不同物质层次所起的作用，或可以大树为喻：树木之茂盛与枯败无不表现于其枝叶，立论于万事万物层次可喻为针对树叶生长状况而治理；立论于阴阳、五行、八卦层次可喻为着眼于大、小树枝之生长；立论于“阴阳未判”的混元气层次可喻为着眼于树之主干，主干茁壮，枝叶自茂。立论不同，各有千秋。切不可以智能气功之理法去衡量别家功法之优劣，亦不能以别家功理来解释智能气功。智能气功功理之特点是简单而直指根本，如果把阴阳、五行等理论掺合于智能气功，便背离了智能气功的根本理论了。