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正如前面所说，绝育并非是百利而无一害。绝育是将产生性激素的器官移除，而性激素除了生殖系统在其他生理过程也产生广泛作用。人为将其移除将会对机体产生哪些作用，具体我们知道得并不是很清楚。有些研究发现，有些疾病的发生可能与这些性激素缺乏有关系。至于是否确证有相关性以及其中发挥多大作用，需要更多得和研究来发现。而且由于这些疾病本身发生率相对较低，我们在实际生活中也较少察觉。
肥胖
绝育后宠物更容易发胖，这一点无论宠物主人还是宠物医生都广泛认知。因此，如果你选择给宠物绝育，又不想让宠物变得肥胖，就需要限制每日能力摄入。需要你喂食宠物时精确定量，你可以用食物量杯，也可以用厨房电子称。同时定期给宠物称重并记录，根据体重变化调节喂食量。
尿失禁
尿失禁是不能自主控制排尿，这主要发生在母犬上，猫极为罕见。未绝育母犬发生率少于1%，绝育后发病率升高，不过整体而言发病率仍然不是很高。
骨骼生长问题
宠物的骨骼生长板在性成熟后闭合，因此在骨骼发育成熟前缺乏性激素，可能对某些部位的生长板产生负面影响。有人假设受此影响的生长板更容易受伤和骨折，不过其真实临床相关性受到质疑。很多发生股骨头生长板骨折的猫是绝育的而且肥胖的。这种情况下，绝育可能是非直接因素，其导致的肥胖更可能是直接因素。在犬上，髋关节发育不良和前十字韧带基本被认为与绝育也有一定关系。不过总得来说，这些骨科疾病的发展是多因素的，如遗传基因、品种和肥胖等，绝育可能仅是其中一个因素，至于起多大作用无法确定。
肿瘤性疾病
有些肿瘤疾病的发生被认为与绝育后缺少性激素的保护相关，但正如前面所说，起发挥多大作用并不清楚。个人认为，肿瘤疾病的发生更多的与基因、品种、年龄、生活环境相关，绝育的影响不必过多担心，仅仅了解即可。
前面提到，公犬绝育可以杜绝良性前列腺疾病，不过，发生前列腺癌的几率增加。相反的，有一篇报道认为，青春期前绝育可以降低前列腺癌发病率。不过整体而言，这类疾病无论在绝育犬和绝育犬发病率都很低，所以仍然不做过多关注。
有研究发现，绝育的犬骨肉瘤发生率是未绝育犬的2倍，特别是在1岁前绝育。这提示性激素可能有保护作用，但其机理仍然不清楚。
绝育母犬血管肉瘤几率升高，公犬没有明显差别。