第一部:魔法少女奈叶
主角高町奈叶是个平凡的小学三年级女生,与好友在如同日常作息的前往补习途中,发现了从异世界米德其路达来的雪貂尤诺·斯克莱亚。他利用心灵感应告诉奈叶,他来到这个世界的理由是为了回收他所挖掘到的太古遗产(平行次元中的高度文明的遗产)“圣石之种”。奈叶为了保护可能因为圣石之种暴走被破坏的城镇,决定代替尤诺出面回收。不料,这却只是一连串事件的开端。他们遇见,与他们一样目的,因为回收圣石之种而出现的谜样金发少女魔导师到底是……
第二部:零之使魔
普通的人类——才人被露易丝以“使魔”的身份召唤到了名为“克里斯汀”的异世界,对异世界一无所知而且不知道该如何返回原来世界的他开始了的“奴隶”生活。在经历了各种磨难后,才人与露易丝的感情逐步加深,在强烈的羁绊关系下,他们开始了与这个世界的邪恶与魔物的斗争。
第三部:妖精的尾巴
故事叙述在一个充满魔法的世界——“阿斯兰特(EARTH LAND)”中,位于菲奥雷王国的一个众多厉害魔导士云集的魔导士公会“FAIRY TAIL”。露西一直希望能加入,成为其中的成员。在纳兹的引导下,露西终于得尝所愿,并结识了许多厉害的魔导士。随后,露西跟纳兹、格雷、艾露莎和哈比组成“最强队伍”,在这个全世界最吵闹、最暴力,但也是最快乐的公会里,创造出数不清的传说的,借着各种委托人的任务而不断变强,伙伴也一个一个加入,故事就这样渐渐揭开。
第四部:黑色五叶草
曾经险些遭到魔神毁灭的世界,拯救它的是一位被后世称为“魔法帝“的魔导士……两位被遗弃在教堂的少年,一位是有魔法才能和四叶草魔导书的尤诺,另一位魔法值为零但却意外获得黑色五叶草的魔法书的阿斯塔……这是关于一位没魔法能力的少年却想要成为魔法帝的故事。
第五部:魔法战争
七濑武是个有着灰暗过去的平凡高中生,周遭对他的评价是:说好听一点是循规蹈矩,说难听一点是死板抑郁。他和青梅竹马五十岛胡桃,因为某种缘故而假扮情侣,除此之外,过的是平凡无奇的生活。
某日武在社团练习前于校舍内发现了昏倒的少女相羽六,并将她带到保健室,并在误解的情况下被六变成了魔法使,从此武和身边人们的命运开始有了改变…
“我是魔法使。对不起……是我害你变成魔法使。”